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Trabalho financiado pelo FEDER em 85% e por fundos regionais em 15%, através da Programa Operacional Açores 2020, no âmbito do projeto « ACORES-01-0145-FEDER-000072 (2019-2022), atualmente financiado pelo projeto “Azores Bioportal – Portal da Biodiversidade dos Açores” (FRCT M1.1.A/INFRAEST CIENT/001/2022) (2022-2023).
Em 2023-2024 financiado igualmente pelo projecto FCT-UIDB/00329/2020-2024 no âmbito do financiamento Plurianual para o cE3c (Grupo da Biodiversidade dos Açores).
O CIBIO-Açores é financiado por Fundos FEDER através do Programa Operacional Fatores de Competitividade – COMPETE e por fundos Nacionais através da FCT – Fundação para a Ciência e a Tecnologia no âmbito do projeto (FCT) UIDB/50027/2020 (CIBIO) e (FCT) UIDP/50027/2020 (CIBIO).

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